Podczas wyprawy do starej fabryki blisko szkoły czterech uczniów, Yumi, Jeremy, Odd i Ulrich, natrafili na duży Superkomputer. Jeremy poszukuje kontroli nad gigantycznym komputerem i odkrywa, że może transportować grupę do innego świata nazwanego „Lyoko”, który jest kontrolowany przez super-komputer. Pewnego razu w Lyoko spotkali wirtualną dziewczynę o imieniu Aelita, która opowiada historię o X.A.N.A.'ie wirusie, który zaraził Superkomputer i grozi zniszczeniem Lyoko w końcu przejęciem kontroli nad Ziemią. X.A.N.A. wysyła potwory i powoduje ataki na Ziemię. Obydwa światy są w dużym niebezpieczeństwie, dzięki Jeremy'iemu udaje im się zmaterializować Aelitę, pozornie wypuszczając ją ze szponów X.A.N.A'y. Ale super-wirus nie poddaje się łatwo. Nasi bohaterowie nie mogą opuścić świata Lyoko bez łaski X.A.N.A'y, który staje się coraz potężniejszy i zaczyna tworzyć nowe potwory. Na szczęście Jeremy programuje pojazdy w super-komputerze dla swoich przyjaciół aby zyskać siłę i po¶pieszyć do wirtualnego świata. Po znalezieniu pamiętnika Franza Hoppera, twórcy Lyoko, bohaterowie znajdują sposób na stworzenie antywirusa i używają go do zniszczenia wirusa w pamięci Aelity. Czy nasi bohaterowie zakończą erę rządów X.A.N.A'y? Jedna rzecz jest pewna, są gotowi zaryzykować wszystko, aby zwyciężyć…